台式超声波清洗器工作时，换能器将电能量通过变幅杆在工具头顶部液体中产生高强度剪切力，形成高频的交变水压强，使空腔膨胀、爆炸将细胞击碎。另一方面由于超声波在液体中传播时产生剧烈地扰动作用，使颗粒产生很大的加速度，从而互相碰撞或与器壁互相碰撞而击碎。
台式超声波清洗器和超声波细胞破碎仪其主要原理是相通的，主要区别是超声波细胞破碎仪把所有的能量集中在探头上，而超声波清洗器的能量则是均匀的分布在清洗槽的底部，因此，超声波清洗器更倾向于脱气和清洗，而超声波细胞破碎仪则倾向于细胞破碎、乳化及均质。
台式超声波清洗器广泛应用在生物化学、医学制药、食品检测、环保监测等领域的破碎动植物组织、病毒、细菌和其它细胞结构以及在乳化、分离、均质等化学反应过程中。
台式超声波清洗器具有清洗效率高，即使是难以清洗的小缝隙，生锈发霉部位也可以去除污垢，且可以清洗部件非常广泛可大可小，因此成为目前市场上使用广泛的清洗机之一。
台式超声波清洗器的主要机理是利用超声波在液体介质中的空化作用以及加速度作用和直进流作用等三个作用来对放置在介质液体中的部件内的污物起到直接或间接作用，使污垢被不断的分散、乳化和剥离，达到清洗部件的目的。
通常状况下，抛光膏常常选用白腊调合，白腊分子量大，熔点较高，常温下呈固态，是较难清洗的物质，传统的方法是选用有机溶剂清洗或高温碱水煮洗有很多弊病。
选用超声波清洗器清洗则可运用水基清洗剂，在中温条件下，几分钟内将工件外表清洗洁净，常用技能流程是：①浸泡→②超声波清洗→③清水（清水）漂洗。
