超声波清洗机的原理简单来说就是水分子振动冲击，专业一点就是利用超声波在液体中的空化作用、加速度作用及直进流作用对液体和污物直接、间接的作用，使污物层被分散、乳化、剥离而达到清洗目的。
超声波清洗机工作原理基于超声波在液体中的空化作用，换能器将电能量通过变幅杆在工具头顶部液体中产生高强度剪切力，形成高频的交变水压强，使空腔膨胀、爆炸将细胞击碎。另一方面由于超声波在液体中传播时产生剧烈地扰动作用，使颗粒产生很大的加速度，从而互相碰撞或与器壁互相碰撞而击碎。
超声波清洗器是利用超声波发生器所发出的交频讯号，通过换能器转换成了交频机械振荡而传播到介质——清洗液中，超声波在清洗液中以疏密相间的形式向被洗物件辐射。
超声波清洗器和超声波细胞破碎仪其主要原理是相通的，主要区别是超声波细胞破碎仪把所有的能量集中在探头上，而超声波清洗器的能量则是均匀的分布在清洗槽的底部，因此，超声波清洗器更倾向于脱气和清洗，而超声波细胞破碎仪则倾向于细胞破碎、乳化及均质。
饰品中由于有裂缝就不适合使用超声波清洁机进行清洁：
1、有机宝石类，如珍珠、珊瑚、琥珀、蜜蜡等。清洗容易造成刮擦，严重损害珍珠首饰。
2、宝石类，如红宝石、蓝宝石、碧玺、祖母绿、石榴石等。因为各种宝石的硬度不同，硬度高的可以用超声波清洗机清洗干净。对于祖母绿、碧玺及一些多内含物、裂纹或性脆、硬度低的宝石，不可用超声波机清洗，以免宝石受损或碎裂。
3、玉石类不宜放进超声波机中清洗，里面的裂缝容易被震碎。
