全自动超声波清洗器是基于超声波在液体中的空化作用，换能器将电能量通过变幅杆在工具头顶部液体中产生高强度剪切力，形成高频的交变水压强，使空腔膨胀、爆炸将细胞击碎。另一方面由于超声波在液体中传播时产生剧烈地扰动作用，使颗粒产生很大的加速度，从而互相碰撞或与器壁互相碰撞而击碎。
全自动超声波清洗器广泛应用在生物化学、医学制药、食品检测、环保监测等领域的破碎动植物组织、病毒、细菌和其它细胞结构以及在乳化、分离、均质等化学反应过程中。
全自动超声波清洗机使用方便，操作简便，自动化程度高，可广泛应用于一些高校大型实验室，其作用表现稳定，又是非常实用的专用产品类型，其内容丰富，清洁效果好，确保在实际应用中，更具有专业优势。
超声波清洗器和超声波细胞破碎仪其主要原理是相通的，主要区别是超声波细胞破碎仪把所有的能量集中在探头上，而超声波清洗器的能量则是均匀的分布在清洗槽的底部，因此，超声波清洗器更倾向于脱气和清洗，而超声波细胞破碎仪则倾向于细胞破碎、乳化及均质。
超声波清洗器发出高频震荡信号，通过换能器转换成高频机械震荡，使之在清洗液中散播，使液体流动而产生数以万计的微小气泡，这些气泡在超声波传播过程中所形成的负压区成型、生长，在正压区迅速闭合。
这些非稳态的微小气泡在声场的作用下每秒完成数万次压缩、扩张的物理过程，可产生超过1000个大气压的瞬间高压，就像一连串爆炸，不断冲击物体表面及缝隙中，从而达到清洗的效果。
